O filme apresenta diversos efeitos, pois Matrix tem como tema a luta do ser humano, por volta do ano de 2200, para se livrar do domínio das máquinas que evoluíram após o advento da Inteligência Artificial. Em um recurso extremo para derrotar as máquinas, a humanidade cobriu a luz do Sol para cortar o suprimento de energia das mesmas, mas elas adotam um solução radical: como cada ser humano produz, em média, 120 volts de energia elétrica, começam a cultivá-los em massa como fonte de energia. Para que o cultivo fosse eficiente, os seres humanos passaram a receber programas de realidade virtual, enquanto seus corpos reais permaneciam mergulhados em habitáculos nos campos de cultivo. Essa realidade virtual, que é um programa de computador ao qual todos são conectados, chama-se Matrix e simula a humanidade do final do século XX.
Há, porém, perto do calor do centro da terra, uma última cidade de seres humanos livres, que mandam missões em naves para combater as máquinas. O líder de uma dessas missões é Morpheus, um visionário que vislumbra em um dos habitantes da matrix o escolhido, que vem a ser Neo, interpretado por Keanu Reeves.
Neo é resgatado de seu casulo, sacado da ilusão da realidade virtual e passa a ser treinado por Morpheus. A questão filosófica principal que o filme traz é justamente essa: O que é o real?
Em sua saga, Neo atinge o status de Escolhido, no sentido messiânico da palavra, ao ressuscitar e conseguir, dentro da própria Matrix, controlar o programa e derrotar os mecanismos antivírus, personalizados por agentes vestidos de terno e óculos escuros. Do ponto de vista do programa, os humanos livres e/ou pensantes são os vírus do planeta Terra.
O filme é notório por suas inovações em efeitos especiais.
